Η κρύπτη της Αγίας Φιλοθέης είναι μια φυσική, μικρή σπηλιά την οποία η κόρη της γνωστής αθηναϊκής οικογένειας της εποχής, Ρηγούλα Μπενιζέλου, είχε μετατρέψει σε εκκλησάκι για να προσεύχεται. Η Ρηγούλα Μπενιζέλου έζησε τον 16ο αιώνα, στα χρόνια της Τουρκοκρατίας και μετά τον μαρτυρικό της θάνατο η εκκλησία την τίμησε ως αγία με το όνομα Αγία Φιλοθέη.
Η κρύπτη ανακαλύφθηκε τυχαία το 1934 κατά τη διάρκεια λατομικών εργασιών. Σιγά-σιγά πήρε τη σημερινή της μορφή ενώ έχει διαπιστωθεί πως επικοινωνούσε, μέσω μιας υπόγειας σήραγγας, με το μετόχι της Καλογρέζας που είχε ιδρύσει η ίδια σε οικογενειακό της κτήμα. Η ανακάλυψη της κρύπτης έγινε αφορμή να μετονομαστεί ο οικισμός της Νέας Αλεξάνδρειας, όπως ονομαζόταν τότε, σε Φιλοθέη.